Ο Τομέας Βασικών Επιστημών της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου της Κρήτης ξεκίνησε την λειτουργία του το 1985 με την εκλογή τον Νοέμβριο του 1984 και την εν συνεχεία ανάληψη καθηκόντων 5 μελών ΔΕΠ. Τα πρώτα χρόνια αφιερώθηκαν στην εκπαίδευση των φοιτητών σε όλα τα γνωστικά αντικείμενα του Τομέα, στην επιτυχή διεκδίκηση ανταγωνιστικών χρηματοδοτήσεων για δημιουργία βασικής εργαστηριακής υποδομής και στην ανάπτυξη των πρώτων ερευνητικών εργαστηρίων, Βιολογίας, Βιοχημείας, Φυσιολογίας και Φαρμακολογίας. Στα χρόνια που ακολουθούν, εκλέγονται σε διάφορες θέσεις ΔΕΠ, νέοι αξιόλογοι επιστήμονες, οι οποίοι εγκαθίστανται στη Κρήτη και συνδράμουν στην περαιτέρω οργάνωση και ανάπτυξη των αντικειμένων του Τομέα.
To 1992 ο Τομέας μεταφέρεται στις νέες μόνιμες κτιριακές εγκαταστάσεις της Ιατρικής Σχολής στην Πανεπιστημιούπολη των Βουτών. Αναπτύσσονται νέα εργαστήρια, επεκτείνονται οι βασικές υποδομές, και δημιουργούνται αξιόλογα ερευνητικά προγράμματα. Παράλληλα, ιδρύονται και λειτουργούν τα πρώτα στη χώρα οργανωμένα Μεταπτυχιακά Προγράμματα που εστιάζονται στα επιστημονικά πεδία των μελών ΔΕΠ του Τομέα.
