Η ερευνητική δραστηριότητα του Dr. Ιωάννη Ηλιόπουλου επικεντρώνεται στον ευρύτερο τομέα της Βιοπληροφορικής και στην ανάλυση μεγάλου όγκου βιολογικών δεδομένων. Η εξόρυξη πληροφορίας από βιοϊατρικά κείμενα (π.χ. PubMed) αποτελεί έναν από τους βασικούς άξονες της έρευνάς του, με στόχο την παραγωγή νέας γνώσης — για παράδειγμα, την πρόβλεψη πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων.

Επιπλέον, η ανάπτυξη εργαλείων Βιοπληροφορικής για την ανάλυση δεδομένων Omics (όπως proteomics, single-cell RNA sequencing κ.ά.) αποτελεί έναν ακόμη σημαντικό τομέα δραστηριότητας.

Τέλος, το εργαστήριο του Dr. Ηλιόπουλου ασχολείται ενεργά με τη μελέτη των γονιδιωμάτων για την απάντηση εξελικτικών ερωτημάτων.

https://scholar.google.com/citations?user=ATypN2YAAAAJ&hl=en


Επιλεγμενες:
1. Enright A., Iliopoulos I., Kyrpides N. C. and C. A. Ouzounis (1999). Protein interaction maps for complete genomes based on fusion events. Nature. 402. 86-90.
2. I. Iliopoulos, S. Tsoka, M. Andrade, P. Janssen, B, Audit, A. Tramontano, A. Valencia, C. Leroy, C. Sander and C. A. Ouzounis. Genome sequences and great expectations. 2000 Dec. GenomeBiology2(1):interactions0001.1-0001.3.
3. Iliopoulos I., Tsoka S., Andrade M., Enright A., Carroll M., Poullet P., Promponas V., Liakopoulos T., Palaios G., Pasquier C., Hamodrakas S., Tamames J., Yagnik A., Tramontano A., Devos D., Blaschke C., Valencia A., Brett D., Martin D., Leroy C., Rigoustos I., Sander C. & Ouzounis C. Evaluation of annotation strategies using an entire genome sequence. Bioinformatics. 2003 Apr 12; 19(6):717-726.
4. Lagnel J, Tsigenopoulos CS, Iliopoulos I. NOBLAST and JAMBLAST: New Options for BLAST and a Java Application Manager for BLAST results. Bioinformatics. 2009 Mar 15;25(6):824-6.
5. Promponas VJ, Ouzounis CA, Iliopoulos I. Experimental evidence validating the computational inference of functional associations from gene fusion events: a critical survey. Brief Bioinform. 2012 Dec 5. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 23220349.
6. Papanikolaou N, Pavlopoulos GA, Pafilis E, Theodosiou T, Schneider R, Satagopam VP, Ouzounis CA, Eliopoulos AG, Promponas VJ, Iliopoulos I. BioTextQuest(+): a knowledge integration platform for literature mining and concept discovery. Bioinformatics. 2014 Nov 15;30(22):3249-56. doi: 10.1093/bioinformatics/btu524. Epub 2014 Aug 6. Erratum in: Bioinformatics. 2015 Mar 15;31(6):979. PubMed PMID: 25100685.
7. Pavlopoulos GA, Malliarakis D, Papanikolaou N, Theodosiou T, Enright AJ, Iliopoulos I. Visualizing genome and systems biology: technologies, tools, implementation techniques and trends, past, present and future. Gigascience. 2015 Aug 25;4:38. doi: 10.1186/s13742-015-0077-2. eCollection 2015. PubMed PMID: 26309733.
8. Efstathiou G, Antonakis AN, Pavlopoulos GA, Theodosiou T, Divanach P, Trudgian DC, Thomas B, Papanikolaou N, Aivaliotis M, Acuto O, Iliopoulos I. ProteoSign: an end-user online differential proteomics statistical analysis platform. Nucleic Acids Res. 2017 May 17. doi: 10.1093/nar/gkx444. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 28520987.
9. Theodorakis E, Antonakis AN, Baltsavia I, Pavlopoulos GA, Samiotaki M, Amoutzias GD, Theodosiou T, Acuto O, Efstathiou G, Iliopoulos I. ProteoSign v2: a faster and evolved user-friendly online tool for statistical analyses of differential proteomics. Nucleic Acids Res. 2021 Jul 2;49(W1):W573-W577. doi: 10.1093/nar/gkab329. PMID: 33963869
10. Pavlopoulos GA, Baltoumas FA, Liu S, Selvitopi O, Camargo AP, Nayfach
S, Azad A, Roux S, Call L, Ivanova NN, Chen IM, Paez-Espino D, Karatzas
E; Novel Metagenome Protein Families Consortium; Iliopoulos I,
Konstantinidis K, Tiedje JM, Pett-Ridge J, Baker D, Visel A, Ouzounis CA,
Ovchinnikov S, Buluç A, Kyrpides NC.Unraveling the functional dark matter
through global metagenomics. Nature. 2023 Oct;622(7983):594-602.

Hellenic Bioinformatics