Η φιλοσοφία του Μουσείου Ιατρικής βασίζεται σε μια ευρύτερη αντίληψη για τη σχέση του ανθρώπου με την Ιατρική, ενώ οι συλλογές του περιλαμβάνουν εκατοντάδες αντικείμενα όπως, ιστορικά ιατρικά βιβλία, ιατρικά όργανα και φαρμακευτικά σκεύη, φωτογραφίες κτλ. Οι βασικοί θεματικοί άξονες που αναπτύσσονται στους χώρους και στις πολύπλευρες δράσεις του Μουσείου είναι οι ακόλουθοι: α) Οι τόποι της ίασης και η ανάδειξη των υλικών και άυλων χαρακτηριστικών τους (τόποι & άνθρωποι), β) Το ανθρώπινο σώμα, οι αισθήσεις κι ο εγκέφαλος, γ) Ιατρικά εργαλεία – τεχνολογία, δ) Από τα βότανα στα φάρμακα, ε) Ιατρική & Γράμματα – Τέχνες. Τα εκπαιδευτικά προγράμματα αντλούν το περιεχόμενό τους από τους παραπάνω άξονες και αποτελούν μαζί με τις εκδηλώσεις για το ευρύ κοινό τον κύριο βραχίονα εξωστρέφειας του Μουσείου.