Η μονάδα αναπτύσσει και εφαρμόζει υπολογιστικές προσεγγίσεις που ενσωματώνουν πειραματικά δεδομένα με γνώση που εξάγεται από τη βιοϊατρική βιβλιογραφία.

Ανακάλυψη αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης–πρωτεΐνης

Μέσω της πλατφόρμας UniReD, η μονάδα εντοπίζει πιθανές λειτουργικές συσχετίσεις μεταξύ πρωτεϊνών, βασισμένες σε στοιχεία από τη βιοϊατρική βιβλιογραφία και σε ομαδοποίηση σχετικών πρωτεϊνών.

Η προσέγγιση αυτή επιτρέπει την ανακάλυψη πιθανών λειτουργικών σχέσεων δικτύου πέρα από τις επιμελημένες βάσεις δεδομένων αλληλεπιδράσεων.

Ιεράρχηση βιοδεικτών και ανακάλυψη υποψηφίων μορίων

Το multiUniReD επιτρέπει την ιεράρχηση πιθανών βιοδεικτών μέσω συστημάτων βαθμολόγησης που εφαρμόζονται σε συστάδες πρωτεϊνών προερχόμενες από πειράματα μεγάλης κλίμακας.

Η προσέγγιση αυτή υποστηρίζει την ταυτοποίηση και αξιολόγηση υποψήφιων μορίων που σχετίζονται με συγκεκριμένους φαινότυπους.

Εξαγωγή γνώσης από τη βιοϊατρική βιβλιογραφία

Η μονάδα αναπτύσσει επίσης μεθόδους εξαγωγής γνώσης από τη βιβλιογραφία μέσω της πλατφόρμας BioTextQuest.

Το σύστημα αυτό επιτρέπει την αναγνώριση σημαντικών βιοϊατρικών εννοιών, όπως:

• γονίδια
• πρωτεΐνες
• ασθένειες
• βιολογικές διεργασίες

διευκολύνοντας τη δημιουργία υποθέσεων και την ερμηνεία δεδομένων omics με καθοδήγηση από τη βιβλιογραφία.

Συστημική Βιολογία

Η ερευνητική ομάδα αναπτύσσει υπολογιστικές προσεγγίσεις για την ανάλυση και οπτικοποίηση βιολογικών δικτύων.

Τρέχουσες ερευνητικές δραστηριότητες περιλαμβάνουν:

• κατασκευή και ανάλυση δικτύων αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης–πρωτεΐνης (PPI)
• ερμηνεία δεδομένων omics με βάση δίκτυα
• οπτικοποίηση δικτύων αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης–νόσου
• ολοκληρωμένη ανάλυση που συνδυάζει μεταγραφωμική, πρωτεωμική και δίκτυα αλληλεπιδράσεων βασισμένα στη γνώση

Οι προσεγγίσεις αυτές υποστηρίζουν τη συστημική διερεύνηση των μοριακών μηχανισμών που διέπουν σύνθετες ασθένειες.