Χαρακτηριστικά:

Οπτικά

Το σύστημα NextSeq 2000 αποτελεί πλατφόρμα αλληλούχισης υψηλής χωρητικότητας, σχεδιασμένη για την υποστήριξη μεγάλων γονιδιωματικών και μεταγραφωμικών μελετών, διατηρώντας ταυτόχρονα το συμπαγές αποτύπωμα ενός επιτραπέζιου οργάνου. Το σύστημα βασίζεται στην αρχιτεκτονική του NextSeq 1000 αλλά υποστηρίζει flow cells μεγαλύτερης χωρητικότητας (P3 και P4), επιτρέποντας σημαντικά υψηλότερη παραγωγή δεδομένων.

Με τη χρήση της χημείας XLEAP-SBS, το σύστημα μπορεί να παράγει έως και 540 Gb δεδομένων αλληλούχισης ανά run, ανάλογα με τη διαμόρφωση flow cell και το μήκος ανάγνωσης. Υποστηρίζονται μήκη ανάγνωσης έως 2 × 300 bp, ενώ οι δείκτες ποιότητας υπερβαίνουν συνήθως το 90% bases ≥ Q30 για μήκη ανάγνωσης έως 150 bp.

Η ενσωματωμένη υπολογιστική υποδομή περιλαμβάνει:

• 2U microserver
• 288 GB RAM
• 3,8 TB SSD αποθηκευτικό χώρο
• Linux CentOS λειτουργικό σύστημα

Σε συνδυασμό με τη DRAGEN FPGA-accelerated secondary analysis, η αρχιτεκτονική αυτή επιτρέπει την ταχεία επεξεργασία μεγάλων όγκων δεδομένων απευθείας στο όργανο.

Το οπτικό σύστημα χρησιμοποιεί τρεις πηγές laser (449 nm, 523 nm και 820 nm) και κατατάσσεται ως Class 1 laser device. Το σύστημα διατηρεί το ίδιο φυσικό αποτύπωμα με το NextSeq 1000 (55 × 65 × 60 cm, περίπου 141 kg), επιτρέποντας την εγκατάστασή του σε τυπικά εργαστήρια μοριακής βιολογίας.

Το NextSeq 2000 υποστηρίζει ένα ευρύ φάσμα εφαρμογών υψηλής απόδοσης, όπως:

• whole-genome sequencing (WGS)
• whole-exome sequencing (WES)
• μεγάλης κλίμακας μελέτες RNA-Seq
• single-cell RNA-Seq
• ολοκληρωμένο γονιδιωματικό προφίλ όγκων
• μεγάλης κλίμακας μελέτες μικροβιώματος

Χάρη στη μεγάλη του απόδοση και τις ενσωματωμένες δυνατότητες ανάλυσης δεδομένων, το NextSeq 2000 είναι ιδιαίτερα κατάλληλο για μεγάλες γονιδιωματικές μελέτες, κλινική γονιδιωματική και πληθυσμιακές αναλύσεις μεγάλης κλίμακας.